" Sin duda, las batallas de Peralonso y de Palonegro (Santander) pusieron al país en su lugar en cuanto a la magnitud de los daños que dejaba la guerra. En la primera, los liberales obtendrían su última victoria de manos de Rafael Uribe Uribe. En Palonegro (25 de mayo de 1900) los conservadores detuvieron a sus enemigos forzándolos a un combate de desgaste, seguidos por el sitio a la ciudad de Cúcuta." (wikipedia)

en noviembre de 1901 tropas liberales comandadas  por benjamin herrera intentaron invadir a panama pero los marines norteamericanos lo impidieron estos estaban aqui por el tratado mallarino-bildack que otorgaba alos eeuu el derecho de proteger la soberania de panama.
en septiembre de 1902 , a peticion del gobierno colombiano, tropas norteamericanas desembarcaron en panama y dos meses despues se firmo el tratado de paz a bordo del buque wisconsin 

consecuencias 

a guerra de los Mil Días dejó un saldo inmediato de más de 100 mil colombianos muertos, miles de mutilados y lisiados de guerra, buena parte de la infraestructura y producción nacional disminuida por la destrucción de propiedades y el ausentismo de los empresarios durante el enfrentamiento, y una situación monetaria y fiscal delicada para el sostenimiento del Estado y la economía del país.

Consecuencias económicas

Durante la guerra, el gobierno conservador, optó por la fabricación de grandes cantidades de papel moneda para cubrir los gastos militares. Esta estrategia originó una progresiva devaluación y un aumento del circulante monetario, lo que ocasionó una elevada inflación con el aumento en los precios de los productos de consumo de la población. A su vez, las transacciones de importación y exportación se realizaban, obligadas por el Estado, con papel moneda lo que dificultó, con la inflación y la devaluación fluctuante, los negocios entre comerciantes.

A los meses de haber terminado la guerra, a pesar de que el bando ganador había sido el de los conservadores nacionalistas adeptos al gobierno, los conservadores históricos y los liberales lograron imponerse en la toma de algunas decisiones de reforma de la política estatal, principalmente en el campo económico. Gracias a esta presión reformista, el Congreso aprobó, en 1903, la Ley 33 que buscaba enfrentar la crisis monetaria y económica con políticas radicales en contra de la emisión indiscriminada de papel moneda.

Consecuencias políticas

Después de la guerra de los Mil Días las élites conservadoras comprendieron lo nocivo de dejar por fuera de la administración del Estado a los liberales. Durante la Regeneración, el partido conservador excluyo a los liberales del gobierno.

La Guerra de los Mil Días movilizó a amplios sectores del partido conservador, a buscar un punto de equilibrio que tuviera en cuenta al partido liberal en la administración del Estado y en la política. Desde 1903 se luchó, en el Congreso, por la aprobación de una ley que permitiera la participación liberal en todos los entes representativos del gobierno. Sin embargo, la resistencia de un buen sector de los conservadores nacionalistas, frustró los primeros intentos por organizar un gobierno bipartidista.

Hasta el gobierno de Rafael Reyes (1904-1909), quien llegó a la presidencia gracias al apoyo de liberales y conservadores, se logró la aprobación de una ley que, entre otras disposiciones, establecía la elección obligatoria de un tercio de los cargos de representación en el Estado para el partido liberal. El gobierno de Carlos E. Restrepo, posterior al de Reyes, continuó con la política de coalición bipartidista, y en la reforma constitucional llevada a cabo en 1910, estableció como norma constitucional un tercio de representación para el partido minoritario en los cuerpos legislativos del Estado.
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colombia perdia el canal de panama al año siguiente de terminada la guerra. y a panama completa(3 nov-1903) en manos de algunos separatistas apoyados por los marines norteamericano mandados por theodoro roosevelt aquel que aplicaria el lema de la zanahoria y el garrote