guerra civil de 1840 o guerra de los conventos

Una ley del congreso que ordenó el cierre de cuatro conventos de pasto y que sus bienes se dedicaran al fomento de las misiones y la educación fue la causa inmediata de un movimiento armado contra el gobierno; aunque las causas reales fueron el resentimiento del general Obando contra Márquez por su triunfo electoral, los sentimientos regionalistas e intereses económicos de los diferentes grupos sociales y la oposición del grupo radical que pedía un cambio en la economía del país. El presidente Márquez envió a pasto al general pedro Alcántara Herrán quien domino la situación, pero luego Obando se alzó contra el gobierno en Timbío. Después de una entrevista de Herrán y Obando y un indulto que se le concedió, los esclavos del cauca se sublevaron y en Vélez, Sogamoso, socorro, santa marta, Cartagena, Medellín y Mompós, hubo levantamiento Militares contra el gobierno.

Durante esta guerra termino el periodo de Márquez y fue elegido para la presidencia el general Herrán. Las consecuencias de la guerra fueron desastrosas: destrucción de campos e industrias, pobreza, rivalidades políticas, baja de la población tanto por la guerra como por epidemias. La constitución de 1832 y el gobierno civilista había fracasado.